工程预算审计方法还有很多各有各的优缺点 ，要提高审计效率，关键是要会选择。政府投资项目范围广泛 ，各项目的建设难度、标准也不一致。另外，政府工程经常受到人为因素和自然条件的影响，往往建设时间长，存在较多的设计变更和现场签证 ，有的项目在审计时已经发生变化 ，甚至无法进行现场取证。这些因素决定了工程预算审计具有多样性、复杂性和风险性。因此，选择审计方法时，既要考虑不同的审计阶段和审计内容，还要结合审计目标，注意审计方法之间的交叉使用和外部审计条件的许可，做到有的放矢、科学使用。
建筑工程虽然有面积和高度的不同，但是它们的各个分部分项工程的工程量、造就、用工量在每个单位面积上的数值变化不大，把这些数据以汇集、优选，找出这些分部分项工程在每个单位建筑面积上的工程量、价格、用工的基本数值，归纳为工程量、造价（价值）、用工三个单方基本值表，并注明其适用的建筑标准。这些基本数值如“筛子孔”，用来筛各分部分项工程量，筛下去的就不审了；没有筛下去的就意味着分部分项工程的单位建筑面积数值不在基本值范围内，应对分部分项工程详细审查。如果所审查的结算的建筑标准与“基本值”所适用的标准不同，就要对其进行调整。相关项目、相关数据审核法：眉山工程预算项目数很多、数据成千上万。对于初学者来说，乍一看，好象各项目、各数据之间毫无关系。其实不然，这些项目。这些数据之间有着千丝万缕的联系。只要我们认真总结、仔细分析，就可以摸索出它们的规律。我们可利用这些规律来审核眉山工程预算，找出不符合规律的项目及数据，如漏项、重项、工程量数据错误等，然后，针对这此问题进行重点审核。当然，也有一些工程量数据规律性较差，如柱基与柱身、梁与柱等等，我们可以采用前述的重点审核法。相关项目、相关数据审核法实质是工程量计算统筹法在预算审核工作中的应用。应用这种方法，可使审核工作效率大大提高。土建工程可变性因素较多，部分内容施工图又无法表示。有的施工企业开工前没有编制施工方案，或者编了施工方案，但没有和建设单位取得联系；或者有图纸但也没有完全执行。
以报价的合理性以及拟签订合同条款与相关方面的一致性为标准对眉山工程预算控制价进行审核。主要审核方式包括两个方面：①对报价清单的工程量与发标清单进行审核，检验二者的相关内容是否相互佐证、相互符合。对暂列金、暂定价、税金、规费等内容进行审核，检查其是否符合规定的要求。避免投标价格的不合理以及报价的不平衡现象发生。②正常程序中，眉山工程预算文件对拟签订承包条款具有制约性，合同价款必须依据中标文件的造价进行，因此，在眉山工程预算审核的过程中要保证拟签订承包条款与眉山工程预算文件之间具有一致性，合同价款与中标文件的主要造价相符。另外，对眉山工程预算的审核工作还必须注意拟签订合同条款的完整性，不能遗漏眉山工程预算文件要求之外的条款，并要保证其公平性，不能遗漏针对投标不平衡报价的风险控制条款，且要保证其考虑周全。对眉山工程预算控制价进行核实。主要需进行几个步骤：①依据工程设计图纸内容核实清单组价的消耗量。②依据核实过的消耗量定额基价及材料设备信息价核实清单综合单价。③根据费用定额核实各项取费。在进行工程价的审核之前，要先了解把握工程图纸的内容。然后依据具体实施过程中工作的细致程度以及所需的时间，所需的人力资源以及实际的审核人员，结合工程量与工程图纸的难易程度进行审核方法的选择。在进行工程量的审核方案的选取时，要依据科学、合理的原则，依据计量规则由到场的眉山工程预算审核人员进行计量。要加强技术标准在相关工作的审核中的作用。另外，对隐蔽工程的审核，如果缺乏考量的相关对象内容，可以对工程验收记录进行分析。
工程预算由于工程建设涉及面广和其本身所具有的复杂性，在其建设过程中，不可避免地发生设计变更、材料设备变更等多种引起工程预算变化的情况。对于采取中标价从签证作为结算方式的工程，更应注意增减费用的审查。应注意设计变更的审查。设计变更单是设计单位在施工中发现需要变更的部位，或是由于建设单位需要改变使用功能、装修标准等而发出的变更通知单。它应是由设计单位、建设单位、施工单位、监理单位协商后共用签署的。审查设计变更时，一要应查验手续是否完备；二要判定该项变更是否引起经济利益上的增减变动，因为有的变更只是技术变更，并不引起经济变更。还要注意查阅竣工图，因为对于工程量增加而引起费用增加的项目。